HRR OncoKit

Protocol automated using Magnis NGS Prep System

Secuenciación de los genes implicados en la reparación por recombinación homóloga (HRR) y análisis de inestabilidad de microsatélites (MSI) en tumores sólidos, mediante un proceso de laboratorio automatizado y posterior NGS

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Secuenciación NGS

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Protocol automated using Magnis NGS Prep System
  • Panel NGS y software para el análisis de los genes implicados en la reparación por recombinación homóloga (HRR) y análisis de inestabilidad de microsatélites (MSI) en tumores sólidos.
  • Detección de inestabilidad de microsatélites (MSI).
  • Detección de SNVs e INDELs.
  • Detección de CNVs de los genes seleccionados, así como pérdidas y ganancias a lo largo del genoma.
  • Marcado molecular con UMIs que aumenta la sensibilidad del análisis bioinformático.
  • Software de análisis incluido: Data genomics.
  • El límite de detección (LOD) de SNVs, y INDELs es del 5%.
  • Se pueden incluir los STID: Sistema integrado de identificación de muestras para su
    trazabilidad.
  • La cobertura (a una profundidad >200X), la sensibilidad, y especificidad de este test
    ha sido mayor del 99%. La uniformidad de las bases cubiertas a >20X es del 96.4%.
  • El límite de detección de las CNVs, respecto al total de copias de una muestra, se ha establecido en un 20% cuando se produce una pérdida.
  • Cumple con los requisitos de calidad especificados por la ISO 9001 e ISO 14001 en lo referente a los materiales empleados en su proceso de fabricación.

HRR OncoKitDx emplea una tecnología de preparación de librerías validada mediante fragmentación enzimática, y de enriquecimiento de las regiones de interés mediante hibridación con sondas de captura. Esta tecnología está totalmente automatizada. Posteriormente, la secuenciación masiva se lleva a cabo en plataformas de Illumina.

  • Secuenciadores compatibles: Illumina NextSeq500, Illumina HiSeq, Illumina NovaSeq
  • Número de reacciones: 24
  • Número de muestras por run: Mid Output v2.5 kit (150 cycles): 16 muestras; High Output v2.5 kit (150 cycles): 32 muestras
  • Secuenciación: Paired-end (2 x 75 ciclos)
  • Cantidad de ADN por muestra: 10-100 ng
  • Calidad de ADN recomendada: DIN >3
  • Región genómica analizada: 400 Kb
  • Genes diana: SNVs e INDELs: ATM, ATR, ATRX, BARD1, BLM, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK12, CHEK1, CHEK2, ERCC3, FAM175A (ABRAXAS1), FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, GEN1, HDAC2, MRE11A, NBN, PALB2, PPP2R2A, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RPA1 y WRN.
  • Tipo de muestra: ADN procedente de sangre periférica, tejido tumoral parafinado

HRR OncoKit

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