Las poliendocrinopatías autoinmunes corresponden a un grupo de desórdenes endocrinos causados por una respuesta inmune anormal contra el tejido glandular endocrino por anomalías en mecanismos regulatorios. Fallos en los procesos de autotolerancia de las células T (usualmente pérdida de función de células T reguladoras) podrían impedir la apoptosis de las células T autorreactivas y provocar la liberación de las mismas al torrente circulatorio.
Además del síndrome de inmunodesregulación, poliendocrinopatía y enteropatía ligada al X (IPEX) causado por variantes patogénicas en FOXP3 y el síndrome poliendocrino autoinmune (APS1) causado por variantes patogénicas en AIRE, existen otras enfermedades que podrían asemejarse y que están causadas por defectos en genes que controlan los procesos asociados a los linfocitos T reguladores.
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