La cistinuria es una afección autosómica recesiva/dominante en la que se ve disminuida la reabsorción de cistina, ornitina, lisina y arginina en el túbulo proximal del riñón. La cistina, a diferencia de los otros aminoácidos implicados, muestra menor solubilidad y, por lo tanto, una tendencia a la formación de litos.
Existen presentaciones sindrómicas: el síndrome de deleción de 2p21, el síndrome de hipotonía-cistinuria típico y atípico. La transmisión de la enfermedad puede ser recesiva (fenotipo tipo I o A) o dominante con penetrancia incompleta (fenotipo no-tipo I o B).