El síndrome de X frágil ocurre en individuos con una mutación completa de FMR1 u otra variante de pérdida de función y casi siempre se caracteriza en los varones afectados por retraso en el desarrollo y discapacidad intelectual junto con una variedad de problemas de comportamiento (el trastorno del espectro autista está presente en el 50%-70%). Los varones afectos pueden tener rasgos craneofaciales característicos y problemas médicos que incluyen hipotonía, reflujo gastroesofágico, estrabismo, convulsiones, trastornos del sueño, laxitud de las articulaciones, pies planos, escoliosis y otitis media recurrente. Los adultos pueden tener prolapso de la válvula mitral o dilatación de la raíz aórtica.
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