Serviço de sequenciação e interpretação de genes individuais. Em função da sua dimensão e das regiões de interesse, podemos oferecer uma abordagem baseada em sequenciação Sanger ou em NGS (enriquecimento por amplicões ou por sondas de hibridação). A abordagem baseada em NGS permite a deteção de variações no número de cópias (CNV).

Sequenciação massiva (NGS) NextGenDx^®

Tempo de resposta: 35 dias

Next Generation Sequencing (NGS), ou sequenciação massiva, é um termo utilizado para descrever um conjunto de novas tecnologias capazes de realizar uma sequenciação massiva de ADN. Isto significa que milhões de pequenos fragmentos de ADN podem ser sequenciados ao mesmo tempo, criando uma grande quantidade de dados. Estes dados podem atingir até gigabites de informação, o que equivale a 1000 milhões de pares de bases de ADN. Em comparação, os métodos anteriores conseguiam sequenciar apenas um fragmento de ADN de cada vez, gerando entre 500 e 1000 pares de bases de ADN numa única reação.

O NextGenDx^® é uma técnica de sequenciação massiva combinada com captura através de amplicões específicos. Especialmente indicado em:

Doenças monogénicas ou associadas a poucos genes.
Estudo de genes com homologia com pseudogenes nos quais as técnicas NGS convencionais têm problemas de especificidade (por exemplo, PKD1).

Análise por MLPA

Tempo de respOsta: 35 dias

Técnica semiquantitativa e amplamente validada nos laboratórios de genética molecular que permite o diagnóstico de patologias devidas a variantes no número de cópias e, em alguns casos, a alterações de metilação. Existem numerosos kits comerciais para o estudo de genes individuais, painéis de genes relacionados com patologias específicas ou regiões cromossómicas extensas envolvidas em síndromes de microdeleção/microduplicação. A HIC presta serviços de MLPA baseados nos kits da MRC-Holland.

SNP arrays

Tiempo de respuesta: 35 días

Incluyen más de 290 síndromes de microdeleción/microduplicación

Los análisis de array permiten valorar ganancias o pérdidas en el número de copias de ADN en todo el material genético del paciente. En el ámbito de la Cardiología, se considera un estudio de primera línea en casos de pacientes con cardiopatías congénitas asociadas a otras malformaciones, especialmente discapacidad intelectual, autismo y/o múltiples malformaciones congénitas. El análisis mediante SNP-arrays puede detectar variaciones en el número de copias (CNV) en todo el material genético, permitiendo confirmar o descartar síndromes de microdeleción o microduplicación, como por ejemplo la deleción 22q11 (síndrome velocardiofacial), la deleción 7q11 (síndrome de Williams), etc.

Indicación de estudio genético. Se considera estudio de primera línea en individuos evaluados posnatalmente debido a anomalías congénitas múltiples no específicas y/o retraso mental/discapacidad intelectual.

Presenta como ventajas la posibilidad de analizar ADN de casi cualquier tejido, incluyendo tejido no cultivado; la detección de anomalías citogenéticas no detectadas mediante análisis convencional; la determinación de puntos de ruptura en reordenamientos cromosómicos y la detección de pérdidas de heterocigosidad (solo SNP arrays).

Esta técnica presenta también ciertas limitaciones. Una de ellas consiste en que no detecta reordenamientos cromosómicos equilibrados (translocación equilibrada o inversión); sin embargo, puede determinar si los reorde- namientos presentan pérdidas o ganancias en los sitios de ruptura. Tampoco detecta mosaicismo de bajo nivel, triploidías, tetraploidías u otros niveles de poliploidías ni algunas aneuploidías como XYY. Asimismo, las CNV de regiones genómicas no están cubiertas en la plataforma. Además, el nivel de detección depende de la densidad del estudio. No permite la detección de mutaciones puntuales y expresión de genes ni el análisis de metilación. También presenta limitaciones en caso de trisomía secundaria a una translocación (trisomía 13 y 21).

CGH Array

Tempo de resposta: 35 dias

Também conhecido como cariótipo molecular, graças à sua elevada sensibilidade, permite a deteção de variações estruturais que passam despercebidas num cariótipo convencional. A tecnologia de CGH-array permite analisar perdas ou ganhos de material genético e reordenamentos não equilibrados no genoma completo de um indivíduo.

O CGX Postnatal 180 K foi especialmente concebido para o diagnóstico genético. Apresenta uma resolução média ao longo de todo o genoma de 100 kb e uma resolução elevada de 20 kb nas regiões de interesse do genoma (regiões que apresentam uma associação direta entre variação no número de cópias e alguma patologia ou síndrome descrita).

O Array Prenatal 37 K foi especialmente concebido para o diagnóstico pré-natal, para detetar numa única prova a presença de alterações genéticas e cromossómicas. A sua resolução é 10 vezes superior à de um cariótipo convencional e 50 vezes superior nas regiões críticas das principais síndromes. Sem diminuir substancialmente a resolução nas regiões de interesse, o GCX 37K apresenta uma baixa cobertura no restante genoma, com o objetivo de minimizar ao máximo a incerteza diagnóstica.

Segregação de variantes / Casos familiares

Tempo de resposta: 2 semanas

Estudos de portadores de variantes previamente descritas na família por sequenciação Sanger.
Para variantes estruturais (rearranjos, variação do número de cópias [inserções, deleções e duplicações], inversões, translocações, etc.), contacte apoiocliente@healthincode.com

Análise in vitro de variantes de splicing

O processo normal de transcrição génica permite a correta eliminação dos intrões e a união dos exões (processo de splicing) no ARN mensageiro para gerar uma proteína funcional. Os avanços em genómica permitiram expandir a sequenciação para regiões não codificantes afastadas das zonas canónicas que flanqueiam os exões. Considera-se que as variantes que afetam o splicing do pré-ARNm (variantes espliceogénicas) são causa de doença com uma frequência estimada de 15–50%, dependendo da patologia em estudo.

Estas variantes podem induzir a exclusão do exão, a ativação de sítios crípticos de splicing ou a retenção total ou parcial do intrão, gerando um padrão de leitura anómalo. Com frequência, estas anomalias do padrão de leitura originam um códon de paragem prematuro no ARN mensageiro, que pode ser degradado a nível celular ou dar origem a uma proteína truncada ou com sequência aberrante, ocasionando a consequente perda da sua função.

As ferramentas bioinformáticas de predição in silico nem sempre delimitam o grau de implicação das variantes nos defeitos de splicing. Os estudos funcionais ex vivo com ARN permitem elucidar o impacto de variantes genéticas no splicing e o mecanismo molecular subjacente, o que resulta num maior conhecimento que pode ser transposto para o diagnóstico clínico.