As poliendocrinopatias autoimunes correspondem a um grupo de perturbações endócrinas causadas por uma resposta imunitária anómala dirigida contra o tecido glandular endócrino, resultante de alterações nos mecanismos reguladores. Falhas nos processos de autotolerância das células T, geralmente associadas à perda de função das células T reguladoras, podem impedir a apoptose das células T autorreativas e promover a sua libertação para a circulação sistémica.
Para além da síndrome de imunodesregulação, poliendocrinopatia e enteropatia ligada ao cromossoma X (IPEX), causada por variantes patogénicas no gene FOXP3, e da síndrome poliendócrina autoimune (APS1), causada por variantes patogénicas no gene AIRE, existem outras doenças com apresentações semelhantes que são causadas por defeitos em genes envolvidos no controlo dos processos associados às células T reguladoras.