Dentro do conjunto de genes, incluem-se aqueles cujos defeitos genéticos podem ser causa suficiente de doenças de tipo autoimune que manifestam características sobrepostas com o lúpus eritematoso sistémico ou o lúpus localizado.
Entre os mecanismos moleculares que causam este grupo de patologias, encontram-se genes codificantes da via clássica do complemento, reguladores do complemento e alguns da via alternativa que têm relação com glomerulonefrite; genes que intervêm em processos de reparação do ADN, cuja perda de função é propensa ao desenvolvimento de títulos elevados de autoanticorpos ANA, anti-dsDNA, anti-histonas e anti-Ro (DNASE1, DNASE1L3, TREX1, RNASEH2A/B/C); genes relacionados com interferonopatias (TMEM173, IFIH1, SAMHD1); genes transdutores de sinais que participam nas vias STAT e reguladores de sinais mediados por TLR (STAT1, STAT4, TLR5, TLR7, BANK1, BLK); genes cujos defeitos conduzem ao desenvolvimento de imunodeficiências primárias com suscetibilidade a condições autoimunes e características sobrepostas com lúpus (PRKCD, CTLA4, NCF2, CYBB, RAG2, IKZF1, TYK2…); ou genes codificantes de recetores e reguladores pró-inflamatórios mediados por TNF (TNFAIP3, IRF5, IRF7…).