A doença de Pompe, ou glicogenose tipo II (MIM#232300), é uma doença de armazenamento lisossómico caracterizada pela acumulação de glicogénio, principalmente no tecido muscular. É causada por variantes patogénicas bialélicas no gene GAA, que conduzem a défice da atividade da enzima α-glucosidase ácida.
Esta doença classifica-se em dois subtipos: a forma infantil e a forma de início tardio. A forma infantil é a mais grave e caracteriza-se por um início precoce (média de 4 meses de vida), com hipotonia, fraqueza muscular generalizada, dificuldades de alimentação e de crescimento, miocardiopatia hipertrófica e dificuldade respiratória. A forma de início tardio caracteriza-se por fraqueza muscular proximal lentamente progressiva e insuficiência respiratória, podendo o início ser muito variável, desde a infância até à idade adulta tardia.