Dentro del conjunto de genes se incluyen aquellos cuyos defectos genéticos pueden ser causa suficiente de enfermedades de tipo autoinmunes que manifiestan características solapantes con el lupus eritematoso sistémico o el lupus localizado.
Entre los mecanismos moleculares que causan este grupo de patologías encontramos genes codificantes de la ruta clásica del complemento, reguladores del complemento y algunos de la ruta alternativa que tienen relación con glomerulonefritis; genes que intervienen en procesos de reparación del ADN, cuya pérdida de función es propensa a desarrollar altos títulos de autoanticuerpos ANA, anti-dsDNA, anti-histones y anti-Ro (DNASE1, DNASE1L3, TREX1, RNASEH2A/B/C); genes relacionados con interferonopatías (TMEM173, IFIH1, SAMHD1); genes transductores de señales que participan en las rutas STAT y reguladores de señales mediadas por TLR (STAT1, STAT4, TLR5, TLR7, BANK1, BLK); genes cuyos defectos conducen al desarrollo de inmunodeficiencias primarias con susceptibilidad a condiciones autoinmunes y características solapantes con lupus (PRKCD, CTLA4, NCF2, CYBB, RAG2, IKZF1, TYK2…); o genes codificantes de receptores y reguladores proinflamatorios mediados por TNF (TNFAIP3, IRF5, IRF7…).
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