La hipomagnesemia hereditaria comprende un grupo de trastornos heterogéneos recesivos y dominantes en los que se ve alterada la homeostasis del magnesio. Aproximadamente el 95% del magnesio filtrado es reabsorbido en la nefrona, sin embargo, existen defectos en genes que codifican canales de cloro, potasio y genes del metabolismo del magnesio que pueden generar un desequilibrio metabólico y pérdida masiva de este electrolito.
Entre los trastornos genéticos que causan hipomagnesemia hereditaria pueden encontrarse la hipomagnesemia familiar con hipercalciuria, el síndrome de Bartter, el síndrome de Gitelman, hipomagnesemia mitocondrial y otros síndromes metabólicos.