Kit para el análisis de los principales marcadores moleculares relacionados con LLA, LMA, LMC, SMD, NMP y otras neoplasias hematológicas, mediante secuenciación por NGS.

Características:

  • Panel NGS para el estudio de las siguientes enfermedades oncohematológicas: Leucemia Mieloide Aguda (LMA), Leucemia Mieloide Crónica (LMC), Neoplasias mieloproliferativas (NMP), Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA) y Síndromes Mielodisplásicos.
  • Permite la detección, a partir de una sola muestra de ADN, de SNVs, indels, fusiones génicas, CNVs y variantes de farmacogenética.
  • Análisis bioinformático con el software Data Genomics y generación de informes semiautomáticos con la clasificación funcional y clínica de las variantes.
  • Se pueden incluir los STID: Sistema integrado de identificación de muestras para su trazabilidad.
  • Basado en tecnología de sondas de RNA de alta sensibilidad con marcado molecular UMI (marcadores moleculares únicos).
  • La cobertura (a una profundidad >100X), especificidad, sensibilidad, repetibilidad y reproducibilidad de este test ha sido mayor del 99%. La uniformidad de las bases cubiertas a >20X es del 98.4%.
  • Límite de detección: SNV e Indels: 2%, CNVs: 20% y 10% para pérdidas o ganancias de una copia, respectivamente.
  • Cumple con los requisitos de calidad especificados por la ISO 13485 e ISO 14001 en lo referente a los materiales empleados en su proceso de fabricación.
  • Software de análisis con marcado CE/IVD
Especificaciones técnicas
  • Secuenciadores compatibles: Illumina NextSeq 500/550/550Dx.
  • Número de reacciones: 24.
  • Número de muestras por carrera: 8 muestras en un cartucho MID 150 ciclos en el NextSeq.
  • Secuenciación: Paired-end (2 x 75 ciclos).
  • Tipo de muestra: ADN procedente de sangre periférica y médula ósea.
  • Cantidad de ADN de partida: 50-100 ng.
  • Panel totalmente automatizado en el equipo robot Magnis NGS Prep System Dx.
  • Requiere el uso de un control positivo (REF: IMG-368) para el análisis de CNVs, al menos una vez.

– Secuenciación de regiones exónicas completas de 76 genes:

  • ARID5B
  • ASXL1
  • ASXL2
  • ATRX
  • BCOR
  • BCORL1
  • BLNK
  • BRAF
  • CALR
  • CBL
  • CDKN2A
  • CDKN2B
  • CEBPA
  • CHIC2
  • CREBBP
  • CSF3R
  • CSNK1A1
  • CUX1
  • DDX3X
  • DDX41
  • DNMT3A
  • EP300
  • ETNK1
  • ETV6
  • EZH2
  • FBXW7
  • FLT3
  • GATA1
  • GATA2 (+I4)
  • GATA3
  • HAVCR2
  • IDH1
  • IDH2
  • IKZF1
  • IL7R
  • JAK1
  • JAK2
  • JAK3
  • KIT
  • KMT2A
  • KMT2C
  • KRAS
  • MPL
  • NF1
  • NFE2
  • NOTCH1
  • NPM1
  • NR3C1
  • NRAS
  • P2RY8
  • PAX5
  • PHF6
  • PIGA
  • PPM1D
  • PTEN
  • PTK2B
  • PTPN11
  • RAD21
  • RB1
  • RUNX1
  • SETBP1
  • SF3B1
  • SH2B3
  • SMC1A
  • SMC3
  • SRP72
  • SRSF2
  • STAG1
  • STAG2
  • STAT5B
  • TET2
  • TP53
  • TYK2
  • U2AF1
  • WT1
  • ZRSR2

Captura de 27 genes de fusión con cualquiera de sus reordenamientos posibles: (inclusión de regiones intrónicas descritas como puntos de corte en bibliografía)

  • ABL1
  • ABL2
  • BCR
  • CBFA2T3
  • CBFB
  • CSF1R
  • EPOR
  • ETV6
  • FGFR1
  • FUS
  • JAK2
  • KMT2A
  • MEF2D
  • MNX1
  • MYH11
  • NPM1
  • NUP214
  • NUP98
  • PDGFRA
  • PDGFRB
  • RARA
  • RBM15
  • RUNX1
  • SET
  • STIL
  • TAL1
  • TCF3

Detección de CNVs a lo largo de todo el genoma (detección de hipo o hiperploidías), o en un gen completo incluido en el panel. Validación de resultados y detección de Copy-neutral LOH a través de un array de SNP de baja densidad a lo largo del genoma.

– Detección de variantes relacionadas con la farmacogenética: ABCB1, CEP72, CYP2C9, ITPA, MTHFR, MTRR, NUTD15, PNPLA3, SLCO1B1, TPMT.