El síndrome de Joubert, clásicamente, se caracteriza por:
- La malformación congénita característica del cerebelo y del tronco encefálico denominada signo del diente molar.
- Hipotonía seguido del desarrollo de ataxia.
- Retraso en el desarrollo.
A menudo, estos hallazgos se acompañan de taquipnea o apnea episódicas y/o movimientos oculares atípicos. En general, las anomalías respiratorias mejoran con la edad. Las capacidades cognitivas son variables, desde una discapacidad intelectual grave hasta la normalidad. Otros hallazgos pueden incluir distrofia retiniana, enfermedad renal, colobomas oculares, encefalocele occipital, fibrosis hepática, polidactilia, hamartomas orales y anomalías endocrinas.